Dans plusieurs de ses activités, la Société collabore avec divers organismes ou associations. Ces activités logent alors à l’enseigne du partenariat, une façon de faire qui permet de mettre à profit les ressources et les expertises de chacune des parties tout en respectant leur mission propre. Une telle approche facilite grandement la mise en œuvre d’activités intéressantes et durables.

Les Archives nationales du Québec constituent un partenaire privilégié de la Société. Cette situation déborde largement le fait que, depuis 1984, la Société est locataire du Centre de Québec des ANQ. La collaboration touche divers domaines dont le prêt d’équipements, les projets de recherche et de développement où des équipes contribuent à la planification et à la mise en œuvre de banques de données, et certaines activités de promotion (salons, Fêtes de la Nouvelle-France…). De même, des activité de formation sont élaborées et offertes en collaboration, telles Premier contact avec la généalogie et la série Les ressources des ANQ. La Société entend étendre ce dernier volet de la collaboration à d’autres centres du réseau des ANQ.

La Ville de Québec est également un partenaire important. Ainsi, la Société est considérée comme le répondant principal dans les dossiers relatifs à la généalogie. De plus, des collaborations ont été convenues avec le Service des archives historiques pour la fourniture d’illustrations pour la revue L’Ancêtre et la visite de leurs collections; d’autres projets concernent le Service de la culture de la ville. La Société participe également à des projets relatifs à la commémoration du 400^e anniversaire de la fondation de la ville et à d’autres menés par la Commission de la capitale nationale.

Des chercheurs de l’Université Laval oeuvrant dans divers départements collaborent avec ceux de la Société et des ANQ sur différents projets de recherche. Le projet sur les recensements de la Ville de Québec de 1851, 1871 et 1901 constitue un bel exemple d’un projet de recherche appliqué dont l’exploitation enrichit considérablement la compréhension de la dynamique sociale de cette entité.

Les travaux préparatoires à la tenue en 2008 du Congrès international des sciences généalogiques et héraldiques fournissent à la Société de nombreuses occasions de partenariat avec d’autres organismes dont la Fédération québécoise des sociétés de généalogie, la Société historique de Québec, la Fédération Française de Généalogie, l’Autorité Héraldique du Canada.

D’autres activités permettent à la Société de s’associer à d’autres partenaires. À titre d’exemple, la tenue du congrès de la Fédération des familles souches à Québec en juin 2003 a permis la tenue d’un atelier de formation. De même, certaines des prochaines conférences de la Société seront des activités communes ou en collaboration avec la Société historique de Québec, la Société d’histoire régionale de Lévis et la Société de généalogie de Lévis. D’autres initiatives analogues pourraient être mises en œuvre dans le même contexte avec d’autres partenaires.