A l'été 1658, Charles s'embarqua pour l'Amérique sur le navire Le Taureau, en compagnie de son frère aîné, Jean Allaire. Ils arrivèrent à Québec le 6 août 1658.

Le 10 novembre 1663, il épouse Catherine Fièvre dans l'église de la paroisse de Notre-Dame-de-Québec. Catherine a 17 ans; elle est une fille du roi. Elle est la fille de Fiacre Fièvre et de Jacquette Dusol. Ils s'établissent à Château-Richer puis, en 1684, à St-François de l'Ile d'Orléans où ils cultiveront la terre. 

De cette union, naîtra treize enfants :

• Marie, baptisé le 26 novembre 1664 et serait inhumé vers 1666
• Charles, baptisé le 26 mars 1666 et serait imhumé vers 1667
• Marie-Madeleine, baptisé le 26 juin 1667 et inhumé le 20 novembre 1707
• Charles, baptisé le 15 septembre 1669 et inhumé le 24 juin 1742
• Jean, Baptisé le 5 juin 1672 et inhumé vers 1681
• Jean-François, baptisé le 23 août 1674 et inhumé le 19 juillet 1721
• Joseph, baptisé le 21 mars 1676 et inhumé le 13 avril 1724
• Catherine, baptisé le 23 novembre 1677
• Louis, baptisé le 8 septembre 1679 et inhumé le 9 juin 1748
• Françoise, baptisé le 28 janvier 1681/82
• Etienne, baptisé le 20 octobre 1683
• Alexandre, baptisé le 18 mars 1684/85
• Marguerite, baptisé le 7 mars 1686/87

Charles Allaire décède en 1691. Catherine décédera 18 ans plus tard à l'Hôtel-Dieu de Québec.